巴爾博亞港口是巴拿馬運河轉運港、巴拿馬城貿易商港。巴爾博亞港口位于運河南口，東距巴拿馬城市中心僅隔3公里。北至河北口克里斯托巴區東港433海里。西南至悉尼7690海里，至新西蘭奧克蘭港6510公里，西北至夏威夷火魯努努4680海里，至上海港9000海里，至舊金山3250海里；港池內有3個向運河伸展的突堤，各有4個泊位，供油輪或散裝貨船裝運之用。東岸中部是修船廠所在，占有第8－14號碼頭；船廠之南的第4、6、7號碼頭7個泊位和船廠之北第15、16、18號碼頭10個泊位均供遠洋船貨物裝卸、轉運、補充給養之用，其中第7號碼頭的3個泊位為集裝箱碼頭。全港有30多個遠洋船泊位，水深9.4－12.4米，是個設備完善的港口。